「全日本民医連表彰」は、２年に１回、全日本民医連総会時に行っています。
　（１）医療実践とかかわった臨床研究・疫学的研究であって、集団的な取り組みの性格のあるもの（２）研究の視点が民医連綱領の路線に沿い、社会保障や患者の人権を守る運動を励ますなど、社会的に貢献するもの（３）学術的水準が高く、新しい分野を切り開くもの（４）今後の継続的発展が期待されるもの（５）その他、とくに全日本民医連で表彰すべきもの、の５点を表彰基準としています。
　2006年、第37回総会時に行った第６回民医連表彰では、発表部門は「第７回学術運動交流集会」から56題、「第７回看護介護活動交流集会」から７題、論文部門は、書籍、県連推薦の１１題から選考を行い、発表部門６本・論文部門３本を表彰することとしました。
　なお、今回は論文部門の「原爆症認定に関する医師団意見書」は特にすぐれたものとして、被爆６０年の特別賞とすること、また、発表部門の「原爆集団訴訟支援」「被爆者健康調査」は、同一の取り組みを発表したものであることから、２本で１つの賞として表彰することとしました。