グルコサミンはもともと体内にあるものなので、適切に用いれば安全性が高いようです。副作用は軽い胃腸症状（お腹の張り、腸にガスがたまる、痙攣、便秘、胸やけ）などが報告されています。カニやエビの殻に含まれるキチンを使ったグルコサミン製品の場合、これらにアレルギーのある人は避けた方がよいでしょう。
　糖尿病の人が使用する場合は血糖値の変化に注意が必要です。中性脂肪やコレステロール、血圧を上げる可能性もあります。また血液が固まるのを防ぐ薬（ワルファリン）の作用を強めたという報告もあります。ワルファリンを服用している人はもちろん、治療中の病気がある人はグルコサミンを使う前に医師や薬剤師にご相談ください。