子宮頸がんになるとされている、代表的なＨＰＶの「16型・18型」に対応している「サーバリックス」と、尖圭コンジローマ（いぼができる）を起こす代表的な「6型・11型」にも対応した「ガーダシル」という製品があります。
　ガーダシルは16型の成分が2倍入っていることや、「免疫持続期間」に違いがあります。免疫持続期間はサーバリックスのほうが8.4年と長く、ガーダシルでは4年というところまでは確認されています。しかしそれ以降、効果が続くかどうかははっきりとわかっていません。
　感染するウイルスの型によっても、ワクチンの効果に違いが出る可能性があります。アメリカ人は感染しているＨＰＶのほとんどが16型、18型なので効果はほぼ100％です。しかし日本人では、ＨＰＶ保有者の約30％が違う型のウイルスに感染しているため、効果は70％程度になると言われています。
　副反応にも注意が必要です。アメリカの「ワクチン有害事象報告システム」に2011年6月までに寄せられた“ワクチン接種後7日目までの死亡者”では、サーバリックス4件に対し、ガーダシルは98件でした。また、インドではガーダシルを120人に接種した後、4人が死亡する事態となったため、その後は接種中止になっています。
　他にも両ワクチンでは、接種後に意識を失ったり、接種部位が大きく腫れてしまったりすることもあります。